治疗甲状腺功能减退的药物可能出现药物过敏、胃肠不适、心脏不适、骨质疏松、肝功能异常等副作用。常用药物如左甲状腺素钠片、甲状腺片等需在医生指导下使用，定期监测甲状腺功能及身体反应。
部分患者服用左甲状腺素钠片后可能出现皮肤瘙痒、皮疹等过敏反应，严重时可导致喉头水肿或过敏性休克。过敏体质者用药前应告知医生既往过敏史，用药期间出现皮肤红斑或呼吸困难需立即停药就医。临床常用抗过敏药物包括氯雷他定片、盐酸西替利嗪片等，但须由医生评估后使用。
甲状腺激素类药物可能刺激胃肠黏膜，引发恶心、腹泻或腹痛等症状。建议餐前30分钟空腹服用以促进吸收，若症状持续可调整为餐时服用。合并胃炎患者可联用奥美拉唑肠溶胶囊等胃黏膜保护剂，但需注意药物相互作用。
过量用药可能导致心悸、心动过速等心脏症状，冠心病患者尤其需警惕心绞痛发作风险。用药期间应定期监测心率，出现胸闷或心律不齐时及时调整剂量。临床常配合使用美托洛尔缓释片等β受体阻滞剂控制症状。
长期超生理剂量使用可能加速骨钙流失，增加骨折风险。绝经后女性需每年进行骨密度检测，必要时补充碳酸钙D3片或阿仑膦酸钠片。保持适量负重运动，每日摄入奶制品等高钙食物。
少数患者可能出现转氨酶升高，与药物代谢负担增加有关。原有肝病患者需减少初始剂量，每3个月监测肝功能。若出现黄疸或乏力症状，可联用复方甘草酸苷片等保肝药物辅助治疗。
甲减患者应保持规律作息，避免高纤维食物影响药物吸收，服药4小时内限制豆制品、钙剂摄入。定期复查甲状腺功能，根据TSH水平调整剂量，切忌自行增减药量。出现持续头痛、多汗等甲亢症状时需及时就医评估。合并高血压或糖尿病患者需加强血压、血糖监测，预防药物相互作用。
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