石榴发黑通常由氧化反应、低温冻伤、霉菌感染、机械损伤、过度成熟等原因引起。
石榴果肉接触空气后，多酚类物质在氧化酶作用下发生褐变，导致局部颜色加深。这种现象与苹果切开后变褐原理相似，属于非变质性变色。短期内食用不影响健康，但建议尽快食用或密封冷藏以减少氧化。
冷藏温度低于4℃可能导致石榴细胞膜破裂，花青素等色素渗出形成深色斑点。冻伤石榴表皮会出现凹陷，果肉质地变软。此类石榴需切除变色部分食用，储存时应避免贴近冰箱后壁。
青霉菌或链格孢菌感染会在石榴表皮形成黑色霉斑，逐渐向内渗透。受感染果实伴有发酵味或霉味，果皮失去光泽。发现霉变应整颗丢弃，因霉菌毒素可能扩散至未显色区域。
运输碰撞或挤压会使石榴内部组织受损，细胞液渗出后与空气接触氧化发黑。损伤处常伴随局部软化，未变质部分仍可食用。选购时应注意检查果实是否完整无凹陷。
过熟石榴籽粒颜色会从鲜红转为暗红甚至紫黑，糖分浓缩导致口感过甜。这类果实易破皮渗汁，需观察是否伴有酸败味。建议成熟高峰期及时食用，存放超过两周需每日检查。
日常储存石榴建议用保鲜膜包裹后置于冰箱蔬果层，温度保持在4-8℃可保存7-10天。食用前观察表皮是否干燥光滑，轻捏有弹性说明新鲜度良好。若切开后发现大面积黑变或异味，应停止食用。搭配富含维生素C的柑橘类水果同食，能延缓果肉氧化速度。定期检查库存水果，避免与释放乙烯的香蕉、苹果混放加速腐败。
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